UMA haplótipo é uma região do genoma que tende a ser herdada em conjunto por várias gerações; normalmente, está tudo localizado no mesmo cromossomo. Os haplótipos são o produto da ligação genética e permanecem intactos durante a recombinação genética.
A palavra "haplótipo" é derivada de uma combinação da palavra "haplóide" e a palavra "genótipo". "Haploide" refere-se a células com um único conjunto de cromossomos e "genótipo" refere-se à composição genética de um organismo.
Por exemplo, quando os haplótipos compartilham genes para duas características fenotípicas diferentes, como cor do cabelo e cor dos olhos, os indivíduos que possuem o gene da cor do cabelo também possuem o outro gene para a cor dos olhos..
Os haplótipos são uma das ferramentas mais utilizadas hoje para o estudo da genealogia, para rastrear a origem das doenças, para caracterizar a variabilidade genética e a filogeografia de populações de diferentes tipos de seres vivos..
Existem várias ferramentas para o estudo de haplótipos, uma das mais utilizadas hoje é "Mapa de haplótipos“(HapMap), que é uma página da web que permite determinar quais são os segmentos do genoma que são haplótipos.
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Os haplótipos representam uma oportunidade para entender a herança dos genes e seu polimorfismo. Com a descoberta da técnica de “Reação em Cadeia da Polimerase” (PCR)Reação em cadeia da polimerase”) Um grande progresso foi feito no estudo de haplótipos.
Atualmente existem inúmeras metodologias para o estudo de haplótipos, algumas das mais destacadas são:
O desenvolvimento de tecnologias de sequenciamento de última geração representou um grande salto para o estudo de haplótipos. Novas tecnologias permitem detectar variações de até uma única base de nucleotídeo em regiões específicas de um haplótipo..
Em bioinformática, o termo haplótipo também é usado para se referir à herança de um grupo de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em sequências de DNA..
Ao combinar programas de bioinformática com a detecção de haplótipos usando sequenciamento de próxima geração, a posição, substituição e efeito de cada mudança de base no genoma de uma população podem ser identificados com precisão.
Os microssatélites ou SSRS, derivam seu nome do inglês “SRepetição de sequência simples Y Repetição Tandem Curta”. Estas são sequências de nucleotídeos curtas que se repetem sucessivamente dentro de uma região do genoma..
É comum encontrar microssatélites dentro de haplótipos não codificantes, portanto, através da detecção de variações no número de repetições de microssatélites, podem ser observados os diferentes alelos nos haplótipos dos indivíduos..
Marcadores microssatélites moleculares foram desenvolvidos para a detecção de uma miríade de haplótipos, a partir da sexagem de plantas como o mamão (Carica mamão) até a detecção de doenças humanas, como anemia falciforme.
Esta técnica combina a amplificação com reações de PCR com digestão de DNA com duas enzimas de restrição diferentes. A técnica detecta loci polimórficos em haplótipos de acordo com os diferentes locais de clivagem na sequência de DNA..
Para ilustrar melhor a técnica, vamos imaginar três fragmentos de tecido do mesmo comprimento, mas cortados em locais diferentes (esses fragmentos representam três fragmentos de haplótipos amplificados pela técnica de PCR).
No momento do corte do tecido, várias peças de tamanhos diferentes serão obtidas, pois cada tecido é cortado em lugares diferentes. Ordenando os fragmentos de acordo com o tipo de tecido de onde provêm, poderemos observar onde se encontram as diferenças entre os tecidos ou haplótipos..
Uma vantagem importante do estudo genético dos haplótipos é que eles permanecem quase intactos ou inalterados por milhares de gerações, e isso permite a identificação de ancestrais remotos e de cada uma das mutações que os indivíduos contribuem para o desenvolvimento de doenças.
Os haplótipos na humanidade variam de acordo com as raças e, a partir disso, foram detectados genes dentro dos haplótipos que causam doenças graves em cada uma das raças humanas..
No projeto HapMap Quatro grupos raciais estão incluídos: europeus, nigerianos, iorubás, chineses han e japoneses.
Desta forma, o projeto HapMap pode abranger diferentes grupos populacionais e rastrear a origem e evolução de muitas das doenças hereditárias que afetam cada uma das quatro raças.
Uma das doenças mais frequentemente diagnosticadas por meio da análise de haplótipos é a anemia falciforme em humanos. Esta doença é diagnosticada rastreando a frequência de haplótipos africanos em uma população..
Por ser uma doença nativa da África, a identificação de haplótipos africanos em populações facilita o rastreamento de pessoas que apresentam a mutação na sequência genética para beta globinas em eritrócitos em forma de foice (característica da patologia).
Com os haplótipos, são construídas árvores filogenéticas que representam as relações evolutivas entre cada um dos haplótipos encontrados em uma amostra de moléculas de DNA homólogas ou da mesma espécie, em uma região que tem pouca ou nenhuma recombinação..
Um dos ramos mais estudados dos haplótipos é a evolução do sistema imunológico humano. Haplótipos que codificam o receptor semelhante a TOll (um componente-chave do sistema imunológico inato) foram identificados para o genoma de Neandertal e Denisovan..
Isso permite que eles rastreiem como as sequências genéticas em populações humanas "modernas" mudaram de sequências de haplótipos que correspondem a humanos "ancestrais"..
Ao construir uma rede de relações genéticas a partir de haplótipos mitocondriais, estuda-se como ocorre o efeito fundador nas espécies, pois permite aos cientistas identificar quando as populações deixaram de se reproduzir entre si e se estabeleceram como espécies separadas..
Espécies animais como tubarões, pássaros e grandes mamíferos como onças, elefantes, entre outros, são constantemente avaliados geneticamente por meio de haplótipos mitocondriais para monitorar o status genético das populações em cativeiro..
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